平远明朝建县后，设4都2图，即义田都、义化都、长田都、石窟都，石窟一图、二图。明崇祯年间割石窟一图二图与镇平，仍有4都，后改划为15乡。民国26年（1937）调整为13乡，全县划为160保、1758甲。民国30年（1941），实行新县制，按《县各级组织纲要》规定，全县调整为142保、1676甲。

中华人民共和国成立初期，全县设7个区、3个市、56个行政村。1950年调整为4个区、2个镇、13个乡。1954年，划为4个区、71个小乡、2个镇。1956年撤区并乡，成立13个乡、１个镇、71个村。1958年“政社合一”，全县成立4个人民公社、1个镇。1961年与兴宁分县后，平远县调整为14个公社、3个农场、1个镇。20世纪70年代中期，划为16个公社、1个镇。1983年11月，恢复区、乡建制，取消政社合一的队制。全县设14个区（差干、仁居、黄畲、八尺、中行、河头、上举、泗水、东石、坝头、大柘、石正、长田、热柘）、1个区级镇（大柘镇）、95个乡、3个城镇管理区、4个县属国营农林场。

1986年11月撤区建乡设镇。全县设立5个镇（大柘、仁居、东石、石正、八尺），11个乡（差干、黄畲、河头、中行、上举、泗水、坝头、茅坪、超竹、长田、热柘），149个村，7个城镇居委会。1994年，11个乡改镇建制，全县设16个镇。2003年9月，撤销超竹镇、黄畲镇和茅坪镇的镇级行政区划建制。原超竹镇并入大柘镇，原黄畲镇并入仁居镇，原茅坪镇并入东石镇。2004年11月，撤销坝头镇的镇级行政区划，将其并入大柘镇行政区划。行政区划调整后，全县设12个镇（差干、仁居、八尺、河头、中行、上举、泗水、东石、大柘、石正、长田、热柘）。2004年始，全县辖12个镇、136个村委会、7个居委会。县城设在大柘镇。